序幕：生化奇兵
“似乎我再也无法认得Raputre了。我听说他们已经把人们都聚集到阿波罗街区了…..”-Diane McClintock。
“目前蛋正在被收集。Ryan将记下Fontaine，或者Fontaine将记下Ryan。”-安全主管Sullivan。
1960年，中大西洋
轰轰然，主角掉落水中，经过挣扎浮到水面原来飞机失事了…….海面满是大火，赶紧一路狂游到前方一个貌似小岛的地方，刚上岸便看到飞机尾部慢慢沉入水中了…….走入前方有光亮的房屋后，屋子大门将自动关闭。此时房屋灯将自动打开。在入口可以看到一块牌子，上面写着些什么：“象我这样的人将在何种国家容身呢？-ANDREW RYAN”看来是某个家伙的留言。下楼梯进入一个球形潜水器，搬动开关进入海底世界…….
突然，潜水器的屏幕打开了，出现了一段老电影。那是Ryan的留言吧……
Andrew Ryan：我是Andrew Ryan，我在这向你们问个问题：农夫不能拥有自己辛勤劳动的成果么？不能，华盛顿的人说，那是那是属于穷人的。不能，梵蒂冈的人说，那是属于上帝。不能，莫斯科的人说，那是属于全体得。（游戏里面也不忘说一下社会主义好，哈哈）我驳回了那些回答。我选择了其他的答案。我选择了不可能的，我选择…..Rapture。那里艺术将不再惧怕检查官，那里科学家将不在受到道德的束缚，那里伟大的将不再受到藐小的束缚。在你们辛勤劳作下，Rapure也将变成你们自己的城市。

看完小电影后，一路看看海底风景，接着可以听到无线电里面传来人们的对话。
Altas：….不过那灯塔就象地狱火一样的亮啊…..看起来像是有飞机坠毁了….
Johnny：….我们可是在中大西洋啊….那怎么可能…
Altas：我怎么知道啊，你最好赶到那去，而且要快点…那些‘疯子’（暂时就先这么称呼他们）马上就要到了…
Johnny：你真会开玩笑－你怎么知道有人要来了？
Altas：因为有个潜水器正在下来….那就是说我们有同伴了。

第一幕：欢迎来到Rapture
游戏开始后继续听到那两傻子的对话….
Johnny：好的，马上过去….这个潜水器…..….马上就要来了…
Altas：Johnny，安全系统突然都…….快点吧！
接着听到一个男人颤抖的声音….
Johnny：请别这样，女士…我不是故意闯进来地。请别伤害我…
Johnny：：放过我吧…..你可以拿我的枪..你可以…啊…..
   主角在一个神奇的水下世界目睹了一个员工被神奇的杀害了…..
怪人（女性）：你是新来的？
接着就是些奇怪的声音，那家伙貌似离开了，那个员工铁定是死无全尸了…
忽然耳边想起了无线电的声音，是刚才聊天的家伙
Atlas：请你拿起那边的短波无线电，好吗？快点，那个女变态还在附近呢….
没办法，主角只能按他说的作，拿起潜水器壁上的无线电（按E键），之后听到那家伙的声音。
Altas：我不知道你是如何从那飞机失事当中活下来的，也不想过问。我叫Atlas，我现在要帮你活下来。现在继续走……我们要帮你设法到达上层。深呼吸然后走出那个潜水器，我不会留下你孤军奋战的。我们要把她找出来，不过首先你得信任我才行。
   走出潜水器，此时地任务目标是到达上层。一路前进在一拐弯处看到一个自动防卫系统干掉了一个疯子，接着听到Atlas开心地大叫。
Atlas：再来一些……你感觉怎么样啊，妹妹？
之后在附近溜达一下，听到Atlas地提示。
Atlas：现在你可以找一个撬棍之类地东西了吧？那些嗜血地疯子杀了Johnny…….该死的‘疯子’。
   在附近的一个箱子旁边可以找到一个大扳手，现在可以用它作武器了。接着用扳手砸开箱子前面的碎石，从砸开的入口进去。躲开楼上疯子推下来的着火的柜子，上楼梯干掉这个白痴然后到二楼拿到电击技能的针剂，此时将看到主角双手出现电流的模样….
Atlas：现在要稳住！你的遗传代码正在被重组－坚持住，一切都会好起来的！
之后的主角貌似失去控制，从二楼重重的摔了下来…..眼前朦胧的看到了一些怪人走来走去，耳边还有声音….
怪人1：这家伙似乎是第一次用啊…..只是想搞清楚他是不是得到了Adam（何物？）？
怪人2：你听到了么？我们快走吧..
怪人1：你这软弱的家伙！
女声：胆小鬼！你总是这样！你和金属机器人待一起是没有好下场的，小家伙，你死定了…
接着听到个小女孩的声音还有重金属走路的声音…..
小女孩：看Bubbles先生，这是个天使－我能看到他的腹部发出光线…..等一下，他还活着。没关系，我知道他很快就会成为天使的。
…….过了一会，主角摇摇晃晃的站了起来，耳边响起Atlas的声音。
Atlas：你没事吧？第一次的感觉就像被骡子踢了一样。不过……现在没有什么能比释放闪电还爽的了，不是吗？
站起来后切换到电击模式，对准正门旁边的开关来一下就可以打开这扇大门。进入通道后不久，通道破裂，不理他从通道一边绕过去继续前进，干掉路上碰到的白痴后从打开的门上楼梯，听到有人自言自语，接着干掉从天而降的火人。进门，坐电梯上楼，此时听到Atlas的声音。
Atlas：听着－我已经成家了。我要把他们从这儿救出去。但是那些疯子把我们隔开了－如果你能在Neptune’s Bounty和他们取得联系的话，那么也许，只是也许…我了解你肯定觉得现在自己是世上最不幸的人，但是你是我和妻儿再次重逢的唯一希望了。赶到Neptune’s Bounty…….找到我的家人…..求你了。

   现在目标升级了，按着画面上部的箭头指示前进，干掉路上的那个中年妇女后在婴儿小车里面得到左轮手枪。
Atlas：质体改变了一切。它们毁坏了我们的身体，我们的意识。我们无法再控制自己了。最好的朋友彼此间互相残杀，婴儿被扼杀在摇篮中。整个城市变成了地狱。
听完他的唠叨，现在进门来到一个大厅先在前面的桌子附近补给一下，接着下楼梯干掉一男一女两bt后进入冷库补给一下（注意搜索一下尸体补给子弹）。出冷库后，看到前面的水池里面有几个白痴在溜达，此时听到Atlas的提示。
Atlas：如果你看到有疯子呆在水里，那么用闪电攻击他们有意想不到的效果。
   如法炮制你会发现水确实是个好导体，这样可以轻松干掉一票呆在水里的家伙。干掉他们后别忘了搜身，之后回到楼上的大厅，干掉出现的女疯子，一路前进来到WC，在女厕门前出现幻觉。搜索补给后从男厕墙上的门出去来到。

Altas：现在小心些…….你不介意把你的武器收起来一会吧？
从现在开始不能使用武器了，从二层之间的铁架子走到对面去，在路上往下看会发现一个小女孩正在对一个尸体作虐待动作。此时会听到Altas的警告。
Atlas：你以为下面的是个小女孩吗？别傻了，她现在是个Little Sister。某人过来将一个可爱的小女孩变成了个怪物。不管你表面怎么想，在Rapture里面都不真实。那些Little Sisters，她们携带着Adam－维持Rapture正常运转的遗传材料。谁都想得到它，谁都需要它。
来到对面后下楼梯可以看到一场好戏：一个变态男偷袭小女孩未遂被大块头废了。
Atlas：那就是Big Daddy。她（指小女孩）收集Adam，而他（指那个金属人）保护她的安全。

搜索尸体收集补给和弹药，然后前进干掉路上的几个bt后从一处流水的高处跳下去，之后听到系统的提示声音“安全警戒状态已启动。”在这里准备好战斗吧，注意不要靠近右侧的一处栅栏门，那后面有一处自动喷火装置。很快会出现一票疯子，用武器轻松干掉他们（也可以把他们引诱到喷火装置处）后收集补给。此时无线电又响了…
Atlas：是Ryan！该死的Andrew Ryan！他发现我们了！见鬼！他关闭了通往Neptune的道路…..还有一条路通往那里…..向Mdiacal方向前进！你还在等什么？走啊！
看来Atlas先生太在乎自己的家人了，按照他说的从被打开的一扇门进去沿路一直走，穿过有水的走廊后来到一个满是显示器的房间，到大门的时候突然门被关闭了接着电源也断了，之后是Atlas的声音。
Atlas：啊，上帝！是个陷阱……我将试着打开这里的出口！
Atlas的话音刚落，就出现了亮光，原来是墙壁上的投影，里面有个男人在说话…
Andrew Ryan：那么告诉我吧，朋友….是哪个婊子养的的派你来的？是克格勃还是中情局？这是给你的消息：Rapture可不是能让你胡作非为的地方，也不是个政府力量能随意蹂躏的小社会。还有，再会吧！
声音消失了，之后出现几个疯子狂砸玻璃，眼看着玻璃就要被砸破的时候，Atlas总算说话了。
Atlas：搞定了…..赶快离开那儿…..快离开！
回头进入刚才被关闭的大门，然后搬动扳手关闭大门，进入下一幕。

第二幕：Medical Pavilion
从电梯出来，听到A说话…
Atlas：你刚才已经见到Andrew Ryan了，Rapture的嗜血之王。现在向Emergency Access（紧急通道）前进。
沿着走廊走，干掉大厅里面的几个bt收集补给，注意这里有一个自动售货机，可以在这里购买弹药和补给，此售货机还可以破解，破解的方法就是进入里面的游戏程序，用里面的水管将水流引导至正确的方向，难度不是很大（如果不想破解也可以花钱解决），破解后可以购买更加高级的补给并且所有补给价格都会下降。补给后在旁边一扇半开半合的门跟前继续刚才的步骤，破解后激活自动飞行机枪，然后进去解决里面的几个家伙后上楼梯激活上面的开关打开背后的金属门，进去后干掉一个隐藏的BT然后拿到汤姆逊冲锋枪，之后….
Atlas：如果你想进入Emergency Access，你需要Steinman博士的钥匙才行。他是负责该区域的主管，不过我可没期望他会表现出人类的友好把钥匙交给你。Steinman可不是那种人，而且坦率地讲，我甚至不能确定他到底还是不是人类。
听完唠叨后操作房间里面地机关打开对面楼梯上地栅栏门，之后会出现一群疯子，利用地形干掉他们后来到大厅上楼梯进入刚才打开地门。此处可以顺着箭头地指向前进。来到一处走廊看